جستجو
ورود
  03 خرداد 1398

  شناسایی عاملین برونی و درونی رفتار سلولی در رده های iPSC انسانی مشتق از اهدا کننده های سالم

تاریخ انتشار: یکشنبه 19 اسفند 1397 | امتیاز: Article Rating

گروه های بزرگ از سلول های بنیادی پرتوانی القایی انسانی(iPSCs) مشتق از اهدا کننده های سالم، ابزار بالقوه قوی برای بررسی ارتباط بین واریته های ژنتیکی و رفتار سلولی هستند. در اینجا ما تصویربرداری با محتوای بالا از شکل سلولی، تکثیر و دیگر فنوتیپ ها را با بیان ژن و مجموعه داده های توالی DNA از بیش از 100 رده iPSC انسانی ادغام می کنیم. با استفاده از رویکرد کاهش ابعاد، برآورد احتمالی بیان باقی مانده ها(PEER)، عوامل فیزیکی را استخراج کردیم که تأثیرات درونی (همبستگی ژنتیکی بین سطوح مختلف سلول از یک اهدا کننده) و بیرونی (پاسخ سلولی به غلظت های مختلف فیبرونکتین) را در بر داشت. ما ژن هایی را شناسایی کردیم که بیان فاکتورهای درونی و بیرونی PEER را مرتبط می سازد و رفتارهای سلولی غیر منتظره را با ژن های حاوی SNVهای غیر مترادف نادر مرتبط می سازد. بنابراین، مطالعه ما یک استراتژی را برای ارزیابی مبنای ژنتیکی تنوع پذیری بین افراد در رفتار سلولی ارائه می دهد.

Cell Rep. 2019 Feb 19;26(8):2078-2087.e3. doi: 10.1016/j.celrep.2019.01.094.

Identifying Extrinsic versus Intrinsic Drivers of Variation in Cell Behavior in Human iPSC Lines from Healthy Donors.

Vigilante A1, Laddach A2, Moens N3, Meleckyte R3, Leha A4, Ghahramani A5, Culley OJ3, Kathuria A3, Hurling C3, Vickers A3, Wiseman E3, Tewary M6, Zandstra PW7; HipSci Consortium, Durbin R8, Fraternali F2, Stegle O9, Birney E9, Luscombe NM10, Danovi D11, Watt FM12.

Abstract

Large cohorts of human induced pluripotent stem cells (iPSCs) from healthy donors are a potentially powerful tool for investigating the relationship between genetic variants and cellular behavior. Here, we integrate high content imaging of cell shape, proliferation, and other phenotypes with gene expression and DNA sequence datasets from over 100 human iPSC lines. By applying a dimensionality reduction approach, Probabilistic Estimation of Expression Residuals (PEER), we extracted factors that captured the effects of intrinsic (genetic concordance between different cell lines from the same donor) and extrinsic (cell responses to different fibronectin concentrations) conditions. We identify genes that correlate in expression with intrinsic and extrinsic PEER factors and associate outlier cell behavior with genes containing rare deleterious non-synonymous SNVs. Our study, thus, establishes a strategy for examining the genetic basis of inter-individual variability in cell behavior.

PMID: 30784590
ثبت امتیاز
تبلیغات
تبلیغات
آرشیو سالانه
آرشیو سالانه
نظرات خوانندگان
نظرات خوانندگان