پروفایل کردن در مقیاس وسیع اثر تنوع ژنتیکی روی بیان ژن در سلول های بنیادی پرتوان القایی را نشان می دهد

تاریخ انتشار: شنبه 26 فروردین 1396 | امتیاز: Article Rating

در این مطالعه، ما از غربالگری تمام ژنوم و پروفایل کردن بیان ژن 215 رده سلول های بنیادی پرتوان القایی(iPSCs) از اهدا کننده های مختلف برای شناسایی واریته های ژنتیکی مربوط به بیان RNA برای 5746 ژن استفاده کردیم. ما قادر به پیش بینی واریته های عامل برای بیان جایگاه ویژگی رفتاری کمی(eQTLs) که متصل شدن فاکتور رونویسی را مختل می کند و زیر مجموعه ای از‌ آن ها را به صورت آزمایشگاهی معتبر می سازد بودیم. هم چنین ما واریته های تعداد نسخ(CNV) مربوط به eQTLs را شناسایی کردیم که شامل برخی از آن هایی است که به نظر می رسد بیان ژن را با تغییر تعداد نسخ مناطق تنظیمی درون ژنی تحت تاثیر قرار می دهند. علاوه براین، ما قادر به شناسایی اثرات روی بیان ژن CNVهای ژنی نادر و ورایته های تک نوکلئوتیدی تنظیمی بودیم و دریافتیم که فعال سازی مجدد بیان ژن روی کروموزوم X بستگی به جایگاه کروموزومی ژن دارد. کار ما ارزش iPSCها برای تنظیم بیان ژن در سلول های پرتوان را تاکید می کند.

Cell Stem Cell. 2017 Apr 6;20(4):533-546.e7. doi: 10.1016/j.stem.2017.03.009.

Large-Scale Profiling Reveals the Influence of Genetic Variation on Gene Expression in Human Induced Pluripotent Stem Cells.

DeBoever C1, Li H2, Jakubosky D3, Benaglio P4, Reyna J2, Olson KM5, Huang H6, Biggs W7, Sandoval E7, D'Antonio M2, Jepsen K2, Matsui H2, Arias A4, Ren B8, Nariai N4, Smith EN4, D'Antonio-Chronowska A2, Farley EK9, Frazer KA10.

Abstract

In this study, we used whole-genome sequencing and gene expression profiling of 215 human induced pluripotent stem cell (iPSC) lines from different donors to identify genetic variants associated with RNA expression for 5,746 genes. We were able to predict causal variants for these expression quantitative trait loci (eQTLs) that disrupt transcription factor binding and validated a subset of them experimentally. We also identified copy-number variant (CNV) eQTLs, including some that appear to affect gene expression by altering the copy number of intergenic regulatory regions. In addition, we were able to identify effects on gene expression of rare genic CNVs and regulatory single-nucleotide variants and found that reactivation of gene expression on the X chromosome depends on gene chromosomal position. Our work highlights the value of iPSCs for genetic association analyses and provides a unique resource for investigating the genetic regulation of gene expression in pluripotent cells.

PMID: 28388430
ثبت امتیاز
نظرات
در حال حاضر هیچ نظری ثبت نشده است. شما می توانید اولین نفری باشید که نظر می دهید.
ارسال نظر جدید

تصویر امنیتی
کد امنیتی را وارد نمایید:

آرشیو سالانه
آرشیو سالانه
نظرات خوانندگان
نظرات خوانندگان