پروفایل بیماری زایی ویروس های شبه سارس و COVID-19

تاریخ انتشار: ﺳﻪشنبه 25 شهریور 1399 | امتیاز: Article Rating
ویروس کرونا ویروس جدید (2019-nCoV) که اخیراً ظهور کرده است باعث شیوع COVID-19 و اختلالات قابل توجه در جامعه وجهان شده است. نکته مهم اینکه عفونت COVID-19 شبیه عوارض SARS است. با این حال ، عدم دانش در مورد مکانیسم های اساسی ژنتیکی COVID-19 ، توسعه اقدامات کنترل احتمالی را الزامی می کند. در این مطالعه ، ما برای ارزیابی ارتباط ژنومی بین 2019-nCoV و ویروس های کرونا ویروس ، از هم ترازی کل ژنوم و آنالیزهای ترکیبی DNA-DNA دیجیتال استفاده کردیم. برای درک رفتار بیماری زایی
2019-nCoVما مجموعه داده های بیان ژن عفونت های ویروسی نزدیک به 2019-nCoV را با چهار تظاهرات بالینی COVID-19 و به دنبال آن غنی سازی عملکردی ژن های با نقص بیان مشترک مقایسه کردیم. آنتاگونیست های بالقوه شیمیایی نیز با استفاده از آنالیز فعل و انفعالات پروتئین - شیمیایی مشخص شدند. بر اساس آنالیز فیلوگرام ، مشخص شد که2019 -nCoV از نظر ژنتیکی به SARS-CoV شباهت دارد. علاوه براین، ما 562 ژن افزایش بیان شده و 738 ژن کاهش بیان شده (P ≤ 0.05) همراه با عفونت SARS-CoV شناسایی کردیم. در میان ژن های با نقص بیان ، SARS-CoV در ≤ 19ژن با افزایش بیان و 22 ≤ با کاهش بیان با هر یک از عوارض مختلف COVID-19 مشترک بود. قابل ذکر است ، افزایش بیان ژن های BCL6 و PFKFB3 در SARS-CoV ، ذات الریه و سندرم حاد تنفسی مشترک بود ، در حالی که آنها در کاهش بیان ژن های CRIP2 ،NSG1 و TNFRSF21 مشترک بودند. علاوه براین ، 14 ژن در بیماری های مختلف SARS-CoV مشترک هستند که ممکن است بیماری COVID-19 را تحت تأثیر قرار دهد. ما همچنین شباهت هایی را در مسیرهای منجر به بیماری های COVID-19 و SARS-CoV مشاهده کردیم. سرانجام ، فعل و انفعالات پروتئین - شیمیایی نشان می دهد سیکلوسپورین ، رسوراترول و کوئرستین به عنوان داروهای امیدوار کننده ضد COVID-19 و همچنین سایر عفونت های ویروسی مانند SARS است. آنالیز بیماری زایی ، همراه با مارکرهای زیستی مشخص شده ، مسیرهای سیگنالینگ و آنتاگونیست های شیمیایی ، می توانند برای توسعه داروی جدید در مبارزه با همه گیری جهانی 2019-nCoV مفید باشند.
Pathogenetic profiling of COVID-19 and SARS-like viruses
Zulkar Nain,1 Humayan Kabir Rana,2 Pietro Liò,3 Sheikh Mohammed Shariful Islam,4 Matthew A Summers,5 and Mohammad Ali Moni6


The novel coronavirus (2019-nCoV) has recently emerged, causing COVID-19 outbreaks and significant societal/global disruption. Importantly, COVID-19 infection resembles SARS-like complications. However, the lack of knowledge about the underlying genetic mechanisms of COVID-19 warrants the development of prospective control measures. In this study, we employed whole-genome alignment and digital DNA–DNA hybridization analyses to assess genomic linkage between 2019-nCoV and other coronaviruses. To understand the pathogenetic behavior of 2019-nCoV, we compared gene expression datasets of viral infections closest to 2019-nCoV with four COVID-19 clinical presentations followed by functional enrichment of shared dysregulated genes. Potential chemical antagonists were also identified using protein–chemical interaction analysis. Based on phylogram analysis, the 2019-nCoV was found genetically closest to SARS-CoVs. In addition, we identified 562 upregulated and 738 downregulated genes (adj. P ≤ 0.05) with SARS-CoV infection. Among the dysregulated genes, SARS-CoV shared ≤19 upregulated and ≤22 downregulated genes with each of different COVID-19 complications. Notably, upregulation of BCL6 and PFKFB3 genes was common to SARS-CoV, pneumonia and severe acute respiratory syndrome, while they shared CRIP2, NSG1 and TNFRSF21 genes in downregulation. Besides, 14 genes were common to different SARS-CoV comorbidities that might influence COVID-19 disease. We also observed similarities in pathways that can lead to COVID-19 and SARS-CoV diseases. Finally, protein–chemical interactions suggest cyclosporine, resveratrol and quercetin as promising drug candidates against COVID-19 as well as other SARS-like viral infections. The pathogenetic analyses, along with identified biomarkers, signaling pathways and chemical antagonists, could prove useful for novel drug development in the fight against the current global 2019-nCoV pandemic.
PMID: 32778874
ثبت امتیاز
آرشیو سالانه
آرشیو سالانه
نظرات خوانندگان
نظرات خوانندگان