به گزارش پایگاه اطلاع رسانی بنیان، یک مطالعه مقدماتی که توسط تیمی از محققان در مرکز پزشکی کارولیناس آتریوم هلث و دانشگاه پزشکی ویک فارست انجام شده، بینش‌های جدیدی در مورد پروفایل ترانسکریپتومیک سرطان سلول سنگفرشی دهان (OSCC) ارائه داده است. این پژوهش با استفاده از نمونه‌های پارافین‌شده ثابت‌شده با فرمالین (FFPE) از بیماران مبتلا به اختلالات بالقوه بدخیم دهانی (OPMD) که طی 3 تا 5 سال به OSCC مبتلا شدند، ژن‌های بیان‌شده متفاوتی را شناسایی کرد که می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی برای پیش‌بینی پیشرفت بیماری عمل کنند. با مقایسه داده‌های RNAseq این نمونه‌ها با داده‌های عمومی سرطان سینه، محققان 9194 ژن با بیان متفاوت را شناسایی کردند که 4466 ژن در OSCC افزایش بیان و 4728 ژن کاهش بیان داشتند. ژن‌هایی مانند KRT6B، SERPINB5 و DSC3 تغییرات قابل‌توجهی (5 تا 10 برابر) نشان دادند. تحلیل مسیرهای KEGG، 17 مسیر کاهش‌یافته را در OSCC نشان داد که بر سیگنال‌دهی شیمی‌کین‌ها، آپوپتوز و پاسخ‌های ایمنی تمرکز داشتند. این مطالعه امکان استفاده از نمونه‌های FFPE را برای شناسایی نشانگرهای زیستی خاص OSCC تأیید کرد و راه را برای استراتژی‌های تشخیصی و درمانی پیشرفته هموار نمود. نتایج، نقش بالقوه ژن‌های خانواده KRT و پاتوژن‌های تولیدکننده لیپوپلی‌ساکارید را در تبدیل OPMD به OSCC برجسته کرد و بر نیاز به تحقیقات بیشتر تأکید کرد. این یافته‌ها می‌توانند تشخیص زودهنگام و مدیریت OPMD را بهبود بخشند و نرخ تبدیل به OSCC را کاهش دهند.

مقدمه: گامی به سوی درک بهتر سرطان دهان  
سرطان سلول سنگفرشی دهان (OSCC) یکی از شایع‌ترین سرطان‌های سر و گردن است که اغلب از ضایعات پیش‌سرطانی موسوم به اختلالات بالقوه بدخیم دهانی (OPMD) مانند لیکن پلان دهانی، لکوپلاکیا، لکوپلاکیای ورمی‌فورم تکثیری، فیبروز زیرمخاطی دهان و اریتروپلاکیا منشأ می‌گیرد. این مطالعه که در مرکز پزشکی کارولیناس آتریوم هلث انجام شد، از فناوری پیشرفته RNAseq برای بررسی پروفایل ترانسکریپتومیک نمونه‌های FFPE بیماران مبتلا به OPMD استفاده کرد که طی 3 تا 5 سال به OSCC مبتلا شدند. با مقایسه این داده‌ها با نمونه‌های سرطان سینه از پایگاه داده Gene Expression Omnibus، محققان به دنبال شناسایی ژن‌های کلیدی دخیل در پیشرفت بیماری بودند. این پژوهش به‌عنوان یک مطالعه اثبات مفهوم، امکان استفاده از نمونه‌های FFPE را برای تحلیل ژنومی تأیید کرد و نشان داد که این روش می‌تواند به توسعه ابزارهای تشخیصی دقیق‌تر منجر شود. چنین پیشرفت‌هایی می‌توانند به شناسایی زودهنگام ضایعات پرخطر و کاهش نرخ تبدیل به سرطان کمک کنند.

روش‌شناسی: رویکردی نوین در تحلیل ژنومی  
این مطالعه با جمع‌آوری نمونه‌های FFPE از سه بیمار مبتلا به OSCC که پیش‌تر تشخیص OPMD داشتند، انجام شد. داده‌های RNAseq این نمونه‌ها با داده‌های عمومی سرطان سینه (6 نمونه) مقایسه شد. با استفاده از نرم‌افزار STARv2.7.9a، ژن‌ها شمارش شدند و تحلیل بیان متفاوت با DESeq2v1.40.2 انجام گرفت. تحلیل اجزای اصلی (PCA) برای بررسی تمایز بین گروه‌های OSCC و سرطان سینه به کار رفت. مسیرهای KEGG با استفاده از Pathviewv.1.40.0 تحلیل شدند تا تغییرات مسیرهای زیستی شناسایی شوند. نرم‌افزار STRINGv12.0 نیز برای بررسی تعاملات پروتئین-پروتئین استفاده شد. این روش‌ها امکان شناسایی دقیق 9194 ژن با بیان متفاوت و مسیرهای زیستی مرتبط را فراهم کرد و نشان داد که نمونه‌های FFPE می‌توانند داده‌های ژنومی با کیفیتی تولید کنند که برای تحقیقات بالینی مناسب هستند.

یافته‌های کلیدی: شناسایی ژن‌های متمایز در OSCC  
نتایج مطالعه نشان داد که 9194 ژن با بیان متفاوت بین OSCC و سرطان سینه وجود دارد، که 4466 ژن در OSCC افزایش بیان و 4728 ژن کاهش بیان داشتند. ژن‌های KRT6B، SERPINB5، DSC3 و PERP با تغییرات 5 تا 10 برابری، از برجسته‌ترین ژن‌های افزایش‌یافته بودند، در حالی که ژن‌هایی مانند KRT19، GREB1 و SERPINA3 کاهش بیان قابل‌توجهی نشان دادند. تحلیل PCA نشان داد که نمونه‌های OSCC و سرطان سینه به‌طور واضح در دو گروه مجزا دسته‌بندی می‌شوند، که تأییدکننده تمایز ترانسکریپتومیک این دو بیماری است. این یافته‌ها بر نقش ژن‌های خانواده KRT، به‌ویژه KRT6B و KRT5، در پیشرفت OSCC تأکید دارند و نشان می‌دهند که این ژن‌ها می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی بالقوه برای شناسایی ضایعات پرخطر مورد استفاده قرار گیرند.

تحلیل مسیرهای زیستی: تمرکز بر سیگنال‌دهی و آپوپتوز  
تحلیل مسیرهای KEGG، 17 مسیر کاهش‌یافته را در OSCC نسبت به سرطان سینه شناسایی کرد، از جمله مسیرهای سیگنال‌دهی شیمی‌کین، سمیت سلولی با واسطه سلول‌های کشنده طبیعی، سیگنال‌دهی گیرنده‌های NOD مانند و متابولیسم آرژینین و پرولین. هیچ مسیر افزایش‌یافته‌ای شناسایی نشد. تحلیل تعاملات پروتئین-پروتئین با STRINGv12.0 نشان داد که ژن‌های افزایش‌یافته با فرآیندهای زیستی مانند آپوپتوز، تنظیم لکوسیت‌ها و سیگنال‌دهی سلولی مرتبط هستند، در حالی که ژن‌های کاهش‌یافته با سیگنال‌دهی NIK/NF-kappaB و پاسخ‌های متابولیک به لیپوپلی‌ساکاریدها ارتباط دارند. این نتایج نقش پاتوژن‌های دهانی تولیدکننده لیپوپلی‌ساکارید، مانند Haemophilus pittmaniae، را در تبدیل OPMD به OSCC برجسته می‌کنند و بر ارتباط میکروبیوم دهان با سرطان‌زایی تأکید دارند.

اهمیت بالینی: گامی به سوی تشخیص زودهنگام  
یافته‌های این مطالعه نشان‌دهنده پتانسیل بالای نمونه‌های FFPE برای شناسایی نشانگرهای زیستی خاص OSCC است. ژن‌های KRT، به‌ویژه KRT6B و KRT19، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای تشخیصی برای پیش‌بینی پیشرفت OPMD به OSCC مورد بررسی قرار گیرند. نقش پاتوژن‌های دهانی در این فرآیند، نیاز به تحقیقات بیشتر در مورد تأثیر میکروبیوم دهان بر سرطان‌زایی را برجسته می‌کند. این مطالعه راه را برای توسعه الگوریتم‌های پیش‌بینی‌کننده باز می‌کند که می‌توانند خطر تبدیل ضایعات به سرطان را ارزیابی کنند. چنین ابزارهایی می‌توانند به پزشکان کمک کنند تا ضایعات پرخطر را زودتر شناسایی کرده و مداخلات پیشگیرانه را به‌موقع اعمال کنند، که در نهایت می‌تواند مرگ‌ومیر ناشی از OSCC را کاهش دهد.

چشم‌انداز آینده: گسترش تحقیقات و کاربردهای بالینی  
این پژوهش مقدماتی، پایه‌ای محکم برای مطالعات آینده در مورد OPMD و OSCC فراهم می‌کند. تحقیقات بعدی می‌توانند بر توسعه الگوریتم‌های پیش‌بینی‌کننده با استفاده از RNAseq تمرکز کنند و نقش میکروبیوم دهان، به‌ویژه پاتوژن‌های تولیدکننده لیپوپلی‌ساکارید، را در تبدیل ضایعات به سرطان بررسی کنند. استفاده گسترده‌تر از نمونه‌های FFPE در محیط‌های بالینی می‌تواند دسترسی به داده‌های ژنومی با کیفیت بالا را افزایش دهد و به بهبود استراتژی‌های درمانی منجر شود. علاوه بر این، همکاری بین مراکز تحقیقاتی برای جمع‌آوری داده‌های بیشتر و تأیید یافته‌ها ضروری است. این مطالعه همچنین بر اهمیت ادغام فناوری‌های پیشرفته مانند RNAseq در تشخیص بالینی تأکید دارد تا رویکردهای شخصی‌سازی‌شده برای درمان OSCC توسعه یابد.

نقش میکروبیوم در سرطان‌زایی: نگاهی نو  
یکی از جنبه‌های جذاب این مطالعه، شناسایی ارتباط بالقوه بین پاتوژن‌های دهانی و پیشرفت OSCC بود. حضور گونه‌های باکتریایی مانند Haemophilus pittmaniae و Leptotrichia spp. در ضایعات دهانی، به‌ویژه در بیماران مبتلا به ویروس پاپیلومای انسانی (HPV)، نشان‌دهنده نقش میکروبیوم در سرطان‌زایی است. این یافته‌ها بر نیاز به بررسی دقیق‌تر تعاملات بین میکروب‌ها و ژن‌های میزبان تأکید دارند. چنین تحقیقاتی می‌توانند به توسعه درمان‌های هدفمند منجر شوند که میکروبیوم دهان را برای پیشگیری از تبدیل OPMD به OSCC تنظیم کنند. این رویکرد نوآورانه می‌تواند پارادایم جدیدی در پیشگیری و درمان سرطان دهان ایجاد کند.

پایان مطلب/.